Träger der Umweltstation sind der Stadtjugendring Ingolstadt, der BUND Naturschutz Ingolstadt und die Stadt Ingolstadt. Über einen Beirat der Umweltstation, in dem alle drei Träger mit zwei Personen vertreten sind, können alle Partner ihre Fähigkeiten, Wünsche und Ideen einbringen und die Umweltstation gemeinsam lenken. Juristischer Träger ist der Stadtjugendring Ingolstadt, bei dem auch das Personal angestellt ist.